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关于线粒体的起源，毕方知道有一个非常有意思的假说。
线粒体是曾经是细菌的真核细胞器，与人类是内共生。
简单来说，线粒体在很久很久以前，是一个独立生物，机缘巧合下与人类相结合，最后成为了人体的一部分。
时至今日，它仍然具有一定的“独立性”
。
证据就是线粒体跟人类基因组完全两码事。
线粒体基因组长度16569，编码37个基因，主要是呼吸链相关的。
人类核基因组长度30亿，编码2－3万个基因，包括全部内容。
二者从序列上没有同源性。
而人类体内的其他组织的基因组都是人类核基因组。
现代生物学分类鉴定的金标准就是根据基因组而非外形特征，因为过去很多分类方法容易出错就是如此。
有的长的不同其实是一个属，有的长的很像其实分类很远。
例如长的像老鼠的树鼩其实是人类近亲，而藏獒和茶杯狗看起来完全是俩物种，后者甚至都没有前者的繁育器官大，但是连生殖隔离都没有。
不过内共生不是寄生，这是两码事。
单细胞生物要生存，要摄取物质和能量。
如同“大鱼吃小鱼，小鱼吃虾米”
一样，大细胞也要吞小细胞。
这个过程称为“胞吞”
。
胞吞过程与细胞膜的流动性密切相关，被吞的东西会被包裹上一层细胞膜进入细胞内部，细胞进行一系列的操作将其分解利用，吐出细胞外，吐出去的过程叫做胞吐。
如果被吞的是一个小细胞呢？
这个小细胞被吞了但是没有被消化，而是共生在了大细胞中，这个就是内共生。
一些基因是可以被人类的身体吸收被整合掉，但是一旦整合了，那么就形成了新的系统，不再分彼此，服从整个系统的表达调控。
现在再把线粒体单独分离出来，它也无法还原成最初的细菌和最初的生命。
这种情况其实非常常见，人类基因组里就有很多这样的印记。
就像数百万年前入侵人类基因组的病毒改变了人类胚胎干细胞中基因的开启和关闭模式。
大约10几亿年前，一种大型的、具吞噬能力的古核生物吞进了一种需氧的、较小的、始祖原核生物。
吞没问题，但要注意安全，被吞进去的生物反杀了可就不好了。
始祖古核生物可能有一系列应激变化来保护自己。
比如，细胞膜大量内陷形成了原始的内质网膜系统，从而限制被吞细菌的活动。
原始的内质网膜系统进一步特化，将细胞的遗传物质包裹形成了细胞核。
始祖古核生物成了始祖真核生物。
有些被吞进的需氧细菌不仅未被消化分解，而且逐步在大的、始祖古核生物细胞内生存下来。
可能是需氧细菌觉得有家挺好，赖在始祖细胞中不走了。
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