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这就是‘遍历性灾难,你不是已经知道了吗?”
“对。
所以我们不放蚂蚁了。”
林允宁看着她,眼神亮得惊人,“我们换个玩法。
如果我们已经知道了所有出口的位置,为什么不能从这些出口出发,倒着往回走,把整个迷宫的地图给画出来?”
程新竹愣住了。
“倒着走?”
“对。
我们不需要模拟蛋白质如何从头折叠,那是正向的‘积分’过程,是无底洞。
我们要做的,是根据已有的实验数据,去‘反演”
这个过程,是‘逆问题!”
林允宁的声音不大,但每个字都掷地有声,“这不是一个算力问题,这是一个信息重构问题!”
程新竹呆呆地看着草稿纸上的迷宫,脑子有点转不过来。
她毕竟是搞实验生物学的,对这些抽象的算法理论,理解起来有些吃力。
“这......这不还是算吗?”
她小声问,“倒着走就不会迷路了?”
“当然会。
所以我们需要一个罗盘。”
林允宁在草稿纸的另一边,写下了一个数学符号:DkiP||Q。
“这个叫‘KL散度’,是信息论里的一个工具,”
他用最简单的语言解释道,“你可以把它理解成一个测量’意外程度”
的尺子。
它衡量的是,我们用一个假设的模型Q,去描述真实的数据P时,会丢失多少信息。”
他看着程新竹,打了个比方:
“简单来说,我们从成千上万个‘出口往回推,每走一步,就用这个‘罗盘’算一下。
如果算出来的信息损失变小了,说明我们走了;如果信息损失变大了,说明我们走错了,那就退回来,换条路再试。”
“这样一步步倒推回去,最终就能找到那条信息损失最小,也就是概率最大,能量最省力的路径。
那条路,就是蛋白质从健康到病变,最可能走的那条主干道’!”
这番话,终于点醒了程新竹。
她猛地坐直身体,一把抢过林允宁手里的笔,眼神里重新燃起了光。
“我懂了!”
她的大脑开始飞速运转,立刻用自己熟悉的生物学语言重构了这个逻辑,“你的意思是,我们不是要去从头养大小白鼠,看它最后得了什么病。
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