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起初，他的全部精力都花在科研和教学上，没时间看报纸，闲暇时以学习梵文自娱。
但到了30年代中期，他开始关心政治，有一段时间卷入了左翼集团的思潮。
这为他的政治生涯奠定了基础，同时也为1953年的不幸事件埋下了祸端。
早在1914年，英国作家威尔斯就预言了原子中巨大的能量将制成可怕的武器。
1938年核裂变现象被发现后，敏感的科学们认识到，威尔斯的预言要实现了。
20世纪30年代，美国的物理学已相当发达，1933年至1941年期间，又有100多名难民物理学家为逃避纳粹的迫害来到美国，极大地充实了美国的科研力量。
于是，在欧洲学术衰落之际，美国一跃成为世界学术中心，完全具备了制造原子弹的科研实力。
1939年10月，美国总统罗斯福接受爱因斯坦的建议，着手发展原子弹的研制工作。
1941年12月，美国的安全受到了严重威胁。
尤其令人不安的，是拥有强大的科研能力和战争资源的德国完全可能造出第一枚原子弹。
美国政府终于痛下决心，拨出大量资金和人力进行原子武器的研制。
自1939年起，奥本海默一直在考虑原子能的释放问题。
1941年，他终止了一切个人的研究工作，全力投入“曼哈顿工程”
。
1942年初，他受命负责快中子和原子弹问题的工作。
这项研究涉及到许多未知的问题，而这些问题又分给许多小规模的实验室。
在这种情况下，工作效率受到了极大的限制。
奥本海默认识到这一问题，建议把研制武器的工作集中在一个实验室内。
主管“曼哈顿工程”
的莱斯利·格罗夫斯接受了他的建议。
事实证明，这一英明决定为研制工作争取了宝贵的时间。
格罗夫斯接受奥本海默的意见，选择新墨西哥州的洛斯阿拉莫斯为实验室所在地，并且任命奥本海默为实验室主任。
在此之前，奥本海默几乎没有管理方面的经验，让他主管一个如此规模的实验室颇为勉强，然而，让一个原子物理方面的外行担此重任将是更加危险的。
就此而言在地道的美国科学家中奥本海默几乎是惟一的人选。
“曼哈顿工程”
的规模和难度是空前的。
前后共耗资20亿美元，有15万人参加工作，仅在洛斯阿拉莫斯就有4000名研究人员，设有理论物理、化学及冶金、军事研究、实验核物理、炸药、炸药物理、规划等7个研究所。
面对如此浩大的工程，管理、协调和统筹方面的工作是极为重要和困难的。
在1943年到1945年之间，奥本海默出色地完成了洛斯阿拉莫斯实验所的组建和管理工作，充分展示了自己在科研和科研管理方面的杰出才能。
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