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样本到达后72小时内,三博完成了ti的快速测序和结构预测,这是一个罕见的ti-f亚家族变体,在数据库中只有三例类似记录。
模型小组将数据输入“生命逻辑模拟器”
。
系统运行了六个小时,整合了该肿瘤的转录组特征、微环境组成、患者全身免疫状态等1297个参数,最终输出了三条推荐策略:策略一(概率42):设计针对该ti变体c端特殊环区的k因子变体,预测可能触发内质网应激相关的非经典凋亡;策略二(概率31):设计能同时结合该ti和邻近pd-l1的双特异性k因子,预测可能同时触发凋亡和恢复t细胞杀伤;策略三(概率18):设计穿透型k因子,攻击ti的跨膜区,预测可能诱导溶酶体途径的细胞死亡。
“为什么概率都不高?”
宋子墨问。
“因为这是高度耐药的晚期肿瘤,”
杨平解释,“它的系统已经经过了多重进化选择,劫持得更深,备用通路更多。
我们的模型诚实地说:没有保证成功的策略。”
,!
“那选哪个?”
杨平凝视着三条路径的详细分子机制预测。
策略一最直接,但可能被肿瘤已有的应激耐受机制抵抗;策略二最巧妙,但设计难度大、生产周期长;策略三最新颖,但可能对正常细胞也有毒性。
“做三个都做,”
杨平决定,“但在优先级上我选三。”
所有人都看向他。
“教授,您的理由?”
因为大家现在感觉已经跟不上教授的节奏的了。
“从演化逻辑上讲,”
杨平调出模型的深层分析,“一个肿瘤如果已经对如此多的靶向和免疫治疗耐药,说明它在应对细胞外攻击方面已经进化出强大防御。
但穿透细胞膜、从内部攻击,这是它可能没有充分准备的战线。
而且,溶酶体途径的死亡通常释放较少的促修复信号,更适合这种晚期、高度恶性的情况。”
他顿了顿:“更重要的是,如果我们想验证底层协议理论的普适性,我们需要测试不同类型的警报信号。
跨膜区攻击是一种物理性破坏,是比构象改变更强烈的系统入侵警报。
如果连这种信号都能被底层协议识别并转化为清除指令,那理论的根基就更加牢固。”
但是设计穿透型k因子需要克服两大难题:一是让大分子蛋白能够穿过细胞膜,二是保证穿膜后仍能精准结合目标。
他们借鉴了病毒穿膜肽和抗体穿透技术,设计出一种ph敏感的构象切换k因子:在肿瘤微环境的酸性条件下,暴露出穿膜序列和靶向序列;进入细胞中性ph环境后,穿膜序列隐藏,靶向序列完全暴露。
没有个新理论,设计k因子是不敢想象的事情,第一个k因子不过是自然产生的,只是被偶然发现。
宋子墨、唐顺、陆小路,他们已经感觉自己的知识不够用,教授说的这些东西他们很是迷糊,甚至完全听不懂。
“教授……”
唐顺不得不提出来。
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