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按照农产品知识产权保护国际惯例，在研发阶段涉及他人的专利是不收费的，但如果进入商业化生产，就必须向专利方支付相关专利使用费。
种得越多，收费也越多。
有专家称，像这样的专利陷阱在转基因作物领域比比皆是，阿根廷大豆悲剧的一个重要原因，就是掉进了孟山都的专利陷阱中了。
而在这个问题上，正方也有其辩护词：（一）转基因种子大多具有适应能力强、耐储藏、产量高等特性，通过种植转基因作物提高单产是应对中国粮食紧平衡局面、增强中国粮食国际竞争力的有效方式，如果中国一味地排斥转基因技术，就会丧失对国际生物工程技术制高点的把握，在新的农业技术革命中就会落后于人，进而将数百亿的国内种子市场拱手让人；（二）关于专利保护问题，各国的专利保护期限大多为10~20年，转基因技术专利大多集中在20世纪90年代，现在很多转基因技术的专利期已经过去，而根据中国的相关法律，若过期也就没有了专利申请的权利，因而对于国际种业通过专利大肆收取专利费的担心是多余的；（三）当今的种业并未是一家独大，而是多家公司鼎足而立，不仅存在孟山都、先锋、先正达、KWS等公司之间的竞争，也存在着美国、以色列、法国、德国等的国家之间的竞争，所谓被一两家跨国种业公司垄断的局面是不会出现的。
中国的种业公司完全可以借力打力，通过与一些国外公司有效地合作实现种子战争的突围。
对此，正方还以棉花为例，通过相关科研机构的努力，中国自主研发的转基因抗虫棉已经占领国内95%的市场份额，一举打破2004年伊始的由孟山都、岱字棉公司的转基因抗虫棉占有90%以上市场的不利局面。
四、超越转基因：将目光放在种子安全的自主掌控上对普通百姓而言，围绕转基因作物商业化问题的争议虽然十分专业，但这毕竟与自己的食品安全关系密切，与自己所在国家的粮食安全关系密切，所以在转基因问题上，任何一点风吹草动都会引起社会的极大关注，政府与转基因产业相关方对转基因作物商业化也颇为投鼠忌器。
让我们回到一些基本问题上：我们要不要发展转基因技术？我们是不是非得进行转基因作物商业化不可？我们怎么才能规避孟山都们的围堵与陷阱？笔者个人认为，必须把我们的目光始终放在种子安全的自主掌控上，这样才能超越转基因争议，不为之烦，而求之用。
我们要不要发展转基因技术？
笔者认为：要。
转基因技术是现代生物工程技术的一个重要分支，它为人类进行农业生产寻求高产、优质、低成本、减少对生态环境的破坏的发展道路提供了一种新的可能，转基因的更新一代技术还为我们打开了获得更富营养的功能食品以及植物制药、植物造工业品等生物工程新成果的大门。
亲近它，我们可能还能站在现代农业技术革命的最前沿；远离它，却可能“把澡盆里的脏水连孩子一起泼出去”
。
笔者想，2008年，国务院之所以通过一项高达240亿元人民币的转基因研究资助项目，使之成为到目前为止最高资助额的高科技项目，目的也应在此。
我们是不是非得进行转基因作物的商业化不可？
笔者认为：不必，目前看也不能。
这个问题其实包含两个小问题，一是转基因技术是不是有独一无二的优势，二是有没有可能用当前更为安全的常规技术实现转基因技术希冀达到的目的。
我们知道，提高作物的单产或者收益主要有两个办法。
一个是袁隆平们所走的“超级水稻”
路线，着力于提高作物的产出边界，通俗点说，就是提高产量。
另一个就是现在转基因技术所走的路线，那就是“改进对压力（逆境）的抗性，缩小单产与单产边界之间的差距”
，通俗地说，就是少受损失以达到作物本来应该达到的产量或收益。
延伸阅读：转基因Ht与Bt作物
目前，国际上广泛种植的转基因农作物中，主要有Bt类基因与Ht类基因两种农作物。
转Ht类基因使作物具有抗除草剂的特性，而转Bt类基因使作物具有抗虫的特性。
转Bt基因的基本原理是将一种土壤细菌——苏云金芽孢杆菌的一段基因转入农作物种子中，使农作物在生长过程中产生一种有毒的Bt蛋白，虫子吃了这种蛋白之后，肠道就会溃烂，从而替代杀虫剂的作用。
据研究，种植转Bt基因农作物可以降低虫害损失，提高单产，还可以减少杀虫剂的使用，减少劳动投入。
转Ht基因的原理则是把一种特定土壤细菌——根癌农杆菌中的一种合成酶的基因转到农作物里面，替代原有的能被草甘膦（一种除草剂）抑制的蛋白质合成酶，从而使这种作物对草甘膦等除草剂产生抗性。
据研究，种植转Ht基因的农作物只需投放一种除草剂（即草甘膦），除草剂使用总量减少，对环境污染降低，对除草的劳动投入减少，同时有助于单产的提高。
到底转基因技术有没有独一无二的优势呢？以玉米为例，我国玉米单产水平为美国的二分之一，生态条件、现实生产力和品种差距是作物单产水平差距的主要原因。
就品种差距而言，我国的玉米主要存在耐密性差和抗倒伏能力差的劣势，而绝不在于本土品种中是否应该导入转基因抗虫性的问题。
从本质上讲，转基因抗虫性是一种杀虫剂效率改进的技术进步，其对作物单产提高的贡献来自于挽回虫害损失的多少。
国务院发展研究中心的陈健鹏博士曾算过这样一笔账：我国玉米生产中玉米螟虫害的损失率约为5%，假定我国60%的玉米（种植面积）导入了转基因抗虫性（假设依据：美国从1996年开始推行转基因玉米商业化种植，到2009年转基因抗虫玉米种植面积约为玉米种植总面积的63%），再假定转基因抗虫性100%有效，那么每年可挽回占总产量3%左右的虫害损失。
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