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行政部门是权力单位，主要职能是管理。
教育部是在国家层面上管理基础教育，主要责任是各种政策的制定和把握——当然包括教学。
教研室则是业务部门，主要职能是负责具体的教学活动。
根据前面关于教研室各种职能的分析，可以看出其工作的内容、任务都是来自所在地区中小学教学实践的需求。
在地方教育行政部门领导下，相对独立的工作方式，使得教研员们能够及时了解本地区教学的实际状况，灵活、有效和便利，所谓“船小好掉头”
。
一旦教育部有了专门司局，势必要直接对于各个省（直辖市）下达各种有关指令，于是省（直辖市）又会对于县（区）级教研室、学校教研组依次“下旨”
，于是，本来以服务学校教学为使命的教研室，工作方向势必逆转，变成向上负责。
即使来自实践的需求，“上达天听”
反映到教育部，再经过一番调查研究形成对策返回来，很可能已经是明日黄花。
农业部并不去具体指导农民如何种地，良种的选择，耕作方式的改进，是由基层的农业科学技术部门普及推广的。
广电部也不会去详细要求某部电影应该怎样拍摄，剧本的编写，演员的挑选，自有制片厂和导演去操心。
经常、普遍、持续发生的教学活动，实在是不宜由教育部这样的国家级行政部门来具体负责的。
疑虑之三：面孔会变吗？
一旦成立这样的主管部门，有了九重之上的“中央领导”
，教研室会不会眼睛向上，形成如今一些部门的官僚化做派和“大爷”
面孔？长久以来，各级教研室保持着与中小学校的亲密关系，教研员们更是教师们熟悉和信赖的权威和专家。
华丽转身后，还能够保持既有的传统作风吗？红头文件会不会湮没教研人员们行走在学校中的身影？请示汇报会不会侵蚀朴素真实的教研活动？这样的担忧，恐怕不是杞人忧天。
长期以来没有对口的国家级行政主管部门，未见得就是坏事。
究竟如何更好地发挥三级教研组织的作用，如何增加其活力，提升其水平？应该不只是增设对口的上级行政部门这样唯一的思路，支持和重视的方式还有很多。
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