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它的《教学大全》（RatioStudiorum）说：“甚至在不存在对忠诚和信仰冒险的情况下，没有人愿意在极重要的事务中引入新问题，或引入不适合权威的任何观点，假如不事先请示他的上司的话；他不愿意教授任何不合于有知识人的自明之理或学者的普遍信仰的东西。
相反，所有的人都应该紧紧追随学者同意的，在地方习俗允许的范围内，被天主教学校接受的观点。”
[8]
自12世纪起，在意大利、法国、英国出现的中世纪大学，被认为是现代大学的原型。
这些大学是高度自治的，它们通常拥有自我管理权、对其成员的裁判权，甚至自主立法权。
但是，在这些大学中，学术自由是有限的。
在中世纪大学全盛时期，学者们努力调和基督教哲学和希腊哲学，学者的探索在一定程度上是开放的；而且，由于存在天主教教会各教育制度间的观点分歧，教师的研究和教学在一定范围内是自由的。
但即使如此，教师仅仅在基本的正统观念限制之内才有自由。
基督教的教义被称为“排他的救赎教义”
（thedoeofexclusivesalvation），且罗马教会掌握着“一元化的真理体系”
，任何超出教会设定的范围的探索，都被认为是对正统教义的怀疑和挑战，都会被作为“异端”
进行镇压。
应该说，学术自由思想的出现，是欧洲十七八世纪启蒙运动中兴起的理性主义的自然结果，而文艺复兴时期的人文主义是理性主义的前奏。
文艺复兴时期，人文主义者发现了人的价值。
人不是神的奴仆，反对盲目信仰，人可以依靠自己的精神力量辨别是非，创造自己的生活。
理性主义来源于对人自身精神力量的信任。
“17世纪时，人们的生活和思想方式已经产生了巨大的裂痕，许多以往被认为是正确而又合法的事物到处都遭到人们的反对。
到了18世纪，这一倾向更为明显，一种持久的信仰正在增长：普通人也有能力建设一个美好的世界，自然科学就是引导人类认识环境的大门，人类理性则是判断真理与正义的标准。”
[9]在社会生活中，人们要使用自己的理性，要最大限度地发挥理性的能力，理性就必须是自由的。
正是在这个时期，出现了“为哲学之自由”
（libertasphilosophandi）思想。
当时所谓“为哲学之自由”
，就是学者的研究和理论，除了自己的良心和责任之外，免于一切外在权威的自由。
[10]
1694年，开明的普鲁士国王腓特烈威廉一世（FriedrichWilhelmⅠ）便以“为哲学之自由”
作为基本原则，建立了哈勒大学。
这所大学“不仅是德国的而且是欧洲的第一所具有现代意义的大学”
[11]，是欧洲“自由思想之堡垒”
，在当时汇集了全欧洲最进步、最有才华的学者。
这些学者把教学语言由拉丁文改为德文。
他们抛弃古老的经典权威，决心依靠科学和人类理性寻求真理。
1711年，这所大学的一位教授在演讲中指出了哈勒大学与当时其他大学的区别。
他问道：“大学的任务是什么？”
然后解释：“就是把人们引向智慧。
那就是说，引向分辨真理与谬误的能力。
但是，如果对大学的研究有任何限制的话，这一任务就不可能实现。”
[12]哈勒大学是现代大学学术自由风气的发祥地。
然而，建立这所大学的腓特烈一世同时担任校长（Rektor），因此，在普鲁士“禁止写作一切违反王室和国家利益的东西”
，遂成为教授们的首要限制。
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