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联邦政府的科研资助以竞争机制为基础，按照“卓越质量原则”
提供。
联邦政府的研究与开发项目，通过各政府部门，比如卫生部、国防部、农业部、能源部、国家科学基金会等，向高校和科研机构招标，中标的机构可获得科研经费。
也有一些科研资助采取合同制提供。
在自愿的基础上，政府就研究与开发项目与高校签订合同。
通过竞争获得的科研资助，在高校的经费中占相当的比例。
早在1972年，在对高等教育法修订的时候，国会反对将按学生人数向高校提供资助的政策写进法律，而支持将资助直接提供给学生的做法，认为这是实现高等教育机会均等和利用市场力量提高高等教育质量的最有效的方法。
向学生提供直接资助的主要形式包括政府的助学金、政府提供贴息的常规贷款等。
直接的学生资助使学生及其家长成为学术项目的更加理性的消费者，鼓励学生和家长考虑其购买的服务的质量和成本，迫使各高等院校更加重视学生的要求和需要。
在州一级，州政府对公立高等教育的资助不断倾向于采取“高学费—高资助”
的模式，这使得高校之间更具有竞争性。
近年来，一些州，比如科罗拉多、康涅狄格、佛罗里达、密苏里、南卡罗莱纳、田纳西、弗吉尼亚和怀俄明等，开始实施或正在考虑实施以业绩为基础（merit-based）的资助政策，根据一系列学术标准向各院校分配州政府的资助或奖金，以提高公共资金的使用效率和激励高校提高教育质量。
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我国传统的高等教育拨款方式，是所谓“基数+增长”
，即政府拨付给每所高校每年的教育经费，以上一年支出数额为基数，考虑本年度各项发展的需要和政府财力的可能，加上一定比例的增长。
对高校的拨款按照“专款专用、结余上缴”
的原则，严格限制每一款项的使用范围。
这种经费分配方式，以前一年的支出为依据，而不是基于合理的成本分析，往往前一年支出多，本年度获得的经费也多，鼓励了乱花钱；人为的主观因素多，缺乏公正、透明的竞争机制，资源使用效率没有保障；每一款项的使用范围严格限制，高校没有自主权，缺乏提高经费使用效率的积极性。
认识到这种高等教育拨款方式的弊端，1986年起，我国开始采用“综合定额+专项补助”
高等教育经费分配方式至今。
综合定额拨款主要以高校在校生数为依据，同时，适当考虑学校的类型和层次。
此部分款项用于教职工人员经费、学生奖贷学金、行政公务费、教学业务费、设备费、修缮费等项目。
专项拨款是对综合定额拨款的补充。
政府根据教育发展和建设目标，以及各学校发展中的特殊需要，由财政部门和教育部门在“综合定额”
之外安排专项经费。
较“基数+增长”
，“综合定额+专项补助”
将对高校的拨款与高校的招生规模和发展规划结合起来，更为合理；增加了高校经费使用的自主权和经费管理的责任。
但是，“综合定额+专项补助”
仍然存在一些问题：主要以学生数作为拨款依据，参数单一，算法粗糙，不能准确反映办学成本；拨款与学校的教育质量、办学效益脱钩，不能反映每一所学校的办学水平和教育经费使用效率；一些专项补助由主观的、人为的因素主导，缺乏合理的依据，也未引入竞争机制，经费的使用效率也未经认真评估。
我国的高等教育拨款制度中应建立一套公平、公正、透明、高效的竞争机制，提高经费使用效率：
第一，应精细地计算每个层次、每个类型的高校的基本教育成本，对教育资源进行基础性分配，保证高校的基本运转需要，为每一个高校学生提供合格的教育条件，以维护基本的教育公平。
第二，在此基础上，适当提高对高等教育以科研经费、专项经费形式资助的数额。
在这些经费的分配中，应实行公平竞争，对高校和每个申请者进行合理评估，避免主观的因素，更要避免人情和腐败。
每个项目都应有一个合同，具体说明项目要达到的目标、进度，每一方责任等，以保证每项经费的效益。
第三，将对高校的拨款与对高校的绩效评估适当结合起来。
高校应对每一个来自公共财政的款项的使用效果和效率提交报告，政府应对高校的办学质量和效益作恰当的评估，作为下一步拨款的依据之一。
第四，积极探索以对学生的资助间接资助高校的措施。
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