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该文件为校长负责制试点工作的推进奠定了基础。
1985年9月，国家教委在北京师范大学召开了校长负责制试点工作座谈会，会上肯定实行校长负责制是高等学校微观管理体制的重大改革，认为应积极创造条件，逐步实行。
此后，校长负责制的试点步伐逐步加快，到1986年年底，全国进行校长负责制试点的高等学校达100多所，占全国高等学校的10%。
在总结部分高等学校校长负责制试点的基础上，1988年4月，国家教委发出《关于高等学校逐步实行校长负责制的意见》，指出：“高等学校必须按照党政分开的原则，逐步实行校长负责制。”
[39]文件充分肯定了校长负责制，指出“高等学校实行校长负责制的方向必须明确，态度要坚定，步子要稳妥。
已经实行校长负责制的学校，要认真总结经验，逐步完善这一领导体制；尚未实行校长负责制的学校，要进一步理顺党政关系，加强行政组织职能，积极创造条件，条件成熟时，改行校长负责制”
[40]。
文件还规定了高等学校校长的主要职责：“根据社会主义现代化建设的需要，支持制定并组织实施学校事业发展规划和年度工作计划；领导教师和职工不断提高教育质量和科学水平，保证完成培养人才和科学研究等项任务；抓好学生的思想政治教育，推动教职工教书育人、服务育人，使学生在德育、智育、体育等方面都得到发展；加强教职工队伍的建设，不断提高他们的政治、思想和业务素质；采取切实措施，逐步改善师生员工的工作、学习和生活条件。”
[41]对于党组织在高等学校中的作用，文件规定：“学校党组织应当对党和国家的方针、政策在本校的贯彻执行和教育任务的完成负有保证监督的责任。”
[42]
从1984年11月9所高等学校试点校长负责制至1989年8月《中共中央关于加强党的建设的通知》的颁布可以看出，高等学校实际上运行着两种微观管理体制：一种是大部分高等学校实行的党委领导下的校（院）长分工负责制，一种是在部分高等学校试行的校长负责制。
（三）党委领导下的校长负责制（1989年以来）
1989年8月，《中共中央关于加强党的建设的通知》颁布。
该文件规定：“高等院校实行党委领导下的校长负责制。
试行校长负责制的范围不再扩大。
已经试点而收效较好的，可以继续试验。
无论实行何种领导体制，党委都是学校的政治核心，全面领导思想政治工作，管理干部，同时支持行政领导独立负责地工作，力戒包揽行政事务。”
1990年7月，《中共中央关于加强高等学校党的建设的通知》颁布。
该文件再次明确“高等学校实行党委领导下的校长负责制”
，并指出：“经上级主管部门和地方党委确定继续进行校长负责制试点的学校，要做好试点工作。
在这些学校，党委要发挥政治核心作用，坚持党管干部的原则，全面领导学校的思想政治工作，参与对教学、科研和行政管理工作重大问题的决策。”
根据上述文件精神，原先试行校长负责制的学校，大部分开始实行党委领导下的校长负责制，少数仍继续进行校长负责制的试点。
在1989年之后的几年，虽然中共中央和政府的不少文件都强调高等学校在微观管理体制上实行党委领导下的校长负责制，但并没有完全排斥校长负责制。
即使在1995年3月颁布的我国教育的根本大法《教育法》也明确规定：“学校的教学及其他行政管理，由校长负责。”
这里所说的“学校”
虽然并没有明确说明包括高等学校，但同样也没有把高等学校排除在外。
这样，在20世纪90年代初期，我国高等学校微观管理体制仍然维持着党委领导下的校长负责制和校长负责制两种制度并存的局面。
1996年4月，中共中央颁布《中国共产党普通高等学校基层组织工作条例》，结束了高等学校内部领导体制的模糊状态，“党委领导下的校长负责制”
成为唯一选项。
文件第三条规定：“高等学校实行党委领导下的校长负责制。
校党委统一领导学校工作，支持校长按照《中华人民共和国教育法》的规定积极主动、独立负责地开展工作，保证教学、科研、行政管理等各项任务的完成。”
第十一条又明确了高等学校党的委员会的主要职责：“1.学习、宣传和执行党的路线、方针、政策，坚持社会主义办学方向，依靠全校师生员工推进学校的改革和发展，培养有理想、有道德、有文化、有纪律的社会主义事业的建设者和接班人。
2.按照从严治党的方针，加强学校党组织的思想、组织、作风建设，发挥党的总支部的政治核心作用、党支部的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用。
3.讨论决定学校改革和发展以及教学、科研、行政管理等工作中的重大问题。
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