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合并后，学校的管理机构大为精简，全校党政管理机构从32个精简为24个；打破两校原有的系（院）设置，将原来两校的76个专业优化组合为24个系3个学院，其中，新组建11个系，改建4个系，原来理工相关的专业大都组建为理工结合的系（院），原有的管理、财经等专业组建为文理兼容的系（院）；所有系（院）都按文、理、工渗透的思路，对办学目标、教学大纲、教学计划、教学内容和教学方法等进行修订和改革。
从1994年7月起，南昌大学在对273个系（院）调整的基础上，开始有计划地组建10个学科群，实行校、院、系三级管理。
由学科群组建的学院，包括相互联系紧密、有共同或相近源头与下游的系（院）、相关的科研院所，以及有科技、产业开发能力的学院。
它们被授予较多的人、财、物权力，成为相对独立的实体。
系逐步成为教学科研的基层单位。
学科群和学院制的建立，有利于集中人力、集中优势，促进学科渗透，互补配套，形成学科发展的新生长点；有利于集中设备、集中条件、集中规划，更加合理地配置资源，提高办学效益。
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（二）补缺型合并
这类合并主要发生在单科性高等学校之间。
20世纪90年代，我国在50年代院校调整中所产生的单科性高等学校在发展中普遍面临两个方面的困境：一是校内原有的学科已经接近成熟的状态，很难再发展或分化出新的学科。
这反映在评价学校的量化指标方面就有可能出现：如果保持原状，学校的博士点和硕士点只能缓慢增长或者没有增长。
这对一些高校，尤其是一些曾经非常辉煌的行业性强校，像钢铁学院、矿产学院、工业大学、机械学院等产生了很大的压力。
于是，它们希望通过与其他院校合并来解决发展的问题。
二是从这些单科性高等学校出来的学生在社会上产生了信誉危机。
社会对理工科背景的学生的评价是：有技能，没文化；而人文社会学科背景的学生则被认为是：有文化，没技能。
与此同时，高校也感受到了学科“强者真强”
“弱者真弱”
对自身发展形成的制约。
最形象的是清华大学用“跛子说”
来比喻自己“工科的腿太长了，而理科和人文社会科学的腿太短了”
，从而只能用单腿来跳的发展之难。
这类院校合并就是在此背景下进行的。
具有代表性的合并包括：1999年清华大学与中央工艺美术学院的合并，1999年中国科技大学与合肥经济技术学院的合并，2000年湖南大学与湖南财经学院的合并，2000年西安交通大学与西安医科大学、陕西财经学院的合并等。
（三）规模扩张型合并
院校合并必然导致规模扩张，但是，与为了调整学科结构、解决管理体制问题而进行合并，并引发规模扩张的学校不同，这类院校合并的目的就是扩大办学规模，为学校的进一步发展创造条件。
通常，这是在不同层次的学校之间进行的。
如北京交通大学与北京电力高等专科学校的合并、华东理工大学与上海石化高等专科学校的合并、东南大学与南京交通高等专科学校的合并、华南理工大学与广东电力专科学校的合并等，都属于这一类型。
这些学术水平较高的大学之所以俯下身段与专科学校合并，主要是自身发展在空间等物质条件方面受到了限制，需要通过合并为下一步发展创造条件。
（四）强强型合并
强强型合并，顾名思义，就是几个学术水平相当的高校之间进行的重组。
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