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对这个问题的回答直接关系到科学哲学的历史起源的定位在“较早”
还是“晚近”
。
例如，如果我们采纳科学哲学是分析或现象学哲学中的特殊部分的观点，那么科学哲学史的历史起点就不能先于分析哲学或现象学本身，这是一方面；另一方面，如果把科学哲学定位于澄清自然科学的基本观念和方法的逻辑分析，那么科学哲学的起源必定在19世纪的某个时段。
但如果有人把科学哲学定义为对自然科学的原则、方法和结果进行哲学反思，那么很可能科学哲学的起点就是那些资格最老的科学家的最不自觉的自我反思，也就是培根、笛卡尔、休谟、莱布尼兹或与他们同等身份的科学家的哲学工作。
但最后，如果我们将科学哲学定义为对科学的任何哲学反思，也许科学哲学的起点能够被追溯到亚里斯多德以后的哲学，以及许多有关“科学分类”
的文献。
（1）古希腊罗马时期的科学哲学思想的文献与谱系：有关这一时期科学哲学史研究文献主要讨论科学及其哲学与史前文化特别是原始宗教的区别与联系、前苏格拉底诸学派作为西方科学文化的思想起点等，这些问题集中体现在有关对科学这种探索方式的界定及其各种不同的理解[5]。
如R.les的《古典时期的哲学与科学》（PhilosophyandtheSAntiquity，Burlington，Ashgate，2005）就包括如下一些问题，如R.les撰写的导言《古典时期的哲学与科学》（philosophyandthesAntiquity），AndreLaks撰写的对古希腊早期哲学不同特点的评论（Remarksonthedifferentiatireekphilosophy），R.J.Hankinson对亚里斯多德有关交叉类别的考察（Aristotle），JamesG.Lennox对亚里斯多德的动物学在其自然哲学中的地位（TheplaceofzoologyinAristotle’snaturalphilosophy）等思考。
有影响的文本还有：“西方思想的奠基者：前苏格拉底诸派——前苏格拉底思想、哲学和科学之间的平行演化”
（TheFoundersht：ThePresocratics：ADiaicParallelismbetweeicthoughtandPhilosophyauralSstantineJ.Vamvacas，Dordreger，c2009.）“对宇宙的解释：爱奥尼亚学派的科学哲学传统”
（ExplaiheIonianTraditioificPhilosophy，Danielrion:oyPress，c2006.）“科学与思辨”
（SdSpe：StudiesiheoryandPractice，editedbyJonathanBarnes，Cambridge；NewYeUyPress，1982.）
原子论的知识谱系：留基伯-德谟克利特-伊壁鸠鲁-卢克莱修-阿基米德。
特别注意，在阿基米德的著述中，唯一被提到的哲学家的名字只有德谟克利特，这使得从事古典研究的学者才开始注意到阿基米德与德谟克利特之间的思想关联。
[6]
理念论的知识谱系：毕达哥拉斯-巴门尼德芝诺-苏格拉底-柏拉图-欧几里得-普鲁克鲁斯。
这条知识谱系从毕达哥拉斯的数论出发，论证观念特别是数理观念对世界特别是感性世界的支配性，其最高科学成就就是欧几里得几何学，并通过普鲁克鲁斯等演化为新柏拉图主义，对后世的科学及其哲学特别是科学哲学产生了重大影响。
（ThephilosophidmathematientariesofProamedPlato’ssuthefirstbookofEuclid’sElement：andhislifebyMarinus，TraheGreek，relimiioonieofideas，&asTaylor，Prodoheauthor，andsoldbyT.Payne，1788-1789.）
四因说的知识谱系：恩培多克勒-亚里斯多德-托勒密-希波克拉底。
这条知识谱系从恩培多克勒的四要素说出发，经过亚里斯多德的四因说及四要素说的哲学提升，在宇宙论问题上演化为托勒密的日心说天文学，在生理学上演化为希波克拉底的医学。
[7]
（2）中世纪时期科学哲学思想的文献与谱系：有关这一时期科学哲学史研究文献主要讨论中世纪的科学及其哲学对近代科学革命的意义。
有的学者持否定意见，但越来越多的学者认为中世纪的科学及其哲学思想奠定了近代科学革命的理论基础。
著名科学家P.迪昂（PierreDuhem）曾花十几年时间整理中世纪科学思想，直至生命的终点，其基本观点是中世纪与近代科学革命之间的思想发展是连续的，并因而奠定了其整体论的科学哲学主张，其代表性理论如“中世纪的宇宙论：有关有限性、时空观、虚空以及世界的多重性的讨论”
（Medievalology：TheoriesofInfiime，Void，ayofWorlds，iversityofChicagoPress，1987）。
这些著述对于理解中世纪科学与哲学关系问题的种种误解具有决定性的意义，同时有力地支撑了迪昂本人的科学哲学思想——科学思想的整体论。
类似的著述还有：格兰特的“中世纪晚期的自然哲学的思想性质”
（TheuralPhilosophyieMiddleAges，Washington，D.C：CatholiiversityofAmericaPress，argaretJ.Osler的“世界的重建：从中世纪到近代欧洲的自然、上帝和人类的理解力”
（RegtheWod，andHumaandingfromtheMiddleAgestoEarlyMaretJ.Osler，Baltimore：JohnsHopkiyPress，2010.）
新柏拉图主义的知识谱系：普拉提诺-波菲斯-奥古斯丁-哥白尼-帕拉塞尔苏斯（Paracelsus）-布鲁诺等。
这条谱系的思想特点在于：建构了超自然的世界图式，更明确地规定了人在其中的位置，把人神关系置于道德修养的核心，强化了科学、哲学和宗教的同盟，具有更浓厚的神秘主义色彩，但也注重神圣世界对感性世界的“分有”
，如此奠定了炼金术和医学的发展。
[8]
亚里斯多德主义知识谱系：亚历山大（AlexandesofAphrodisias）-普塞洛斯（MichaelPsellus）及其学生伊塔卢斯（JohnItalus）-波修斯（Boethius）-邓·司各脱（DunsScotus）-大阿尔伯特-圣托马斯·阿奎那等。
这条谱系认为个体占存在领域的首位；可用一系列概念解释实在，诸如十范畴、种-属-个体、质料-形式、潜能-现实、必然-偶然、四种物质元素及其基本性质，还有四因（形式因、质料因、动力因、目的因）；灵魂是动植物生命个体的形式，与肉体不可分割；活动是事物的本质；思辨活动高于实践活动。
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