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洪武二十六年（1393）定分领在京各卫所及在外各都司卫所。
其组织如下：
每府设左右都督各一，掌治府事。
成祖以后，又改组如下：
各地都司分隶于各都督府，其组织如下：
和都督府相配合的机关是兵部，长官为兵部尚书，“掌天下武卫官军选授简练之政令”
，其下设四清吏司，各设郎中一人，员外郎一人，主事二人：
都督府是统军机关，各省各镇镇守总兵官副总兵都以三等（4）真署都督及公侯伯充任。
有大征讨，则由政府指派挂诸号将军（5）或大将军前将军副将军印总兵出，事定缴印回任。
明初开国时，武臣最重（6），英国公张辅兄信，至以侍郎换授指挥同知。
武臣出兵，多用文臣参赞，如永乐六年（1408）黔国公沐晟讨交趾简定，以尚书刘俊参军事。
宣德元年（1426）成山侯王通讨交趾黎利，以尚书陈洽参赞军务。
正统以后，文臣的地位渐高，出征时由文臣任总督或提督军务，经画一切，武臣只负领军作战的任务。
如正统六年（1441）麓川之役，定西伯蒋贵充总兵官，以兵部尚书王骥总督军务，正统十四年（1449）讨福建邓茂七，宁阳侯陈懋为总兵官，以刑部尚书金濂提督军务。
成化元年（1465）讨大藤峡傜，都督同知赵辅为征夷将军，以左佥都御史韩雍赞理军务。
同年出兵镇压荆、襄农民暴动，抚宁伯朱永充靖虏将军，以工部尚书白圭提督军务。
三年（1467）讨建州，武靖伯赵辅充总兵官，以左都御史李秉提督军务。
从此文臣统帅，武臣领兵，便成定制。
在政府的用意是以文臣制武臣，防其跋扈。
结果是武臣的地位越来越低。
正德以后幸臣戚里多用恩幸得武职，愈为世所轻。
在内有部、科，在外有监军、总督、巡抚，重重弹压，五军都督府职权日轻，将弁大帅如走卒，总兵官到兵部领敕，必须长跪，“间为长揖，即谓非体”
。
到了末年，卫所军士，虽一诸生，都可任意役使了。
各省都指挥使是地方的最高军政长官，统辖省内各卫所军丁，威权最重。
在对外或对内的战事中，政府照例派都督府官或公侯伯出为总兵官，事后还任。
明初外患最频的是北边的蒙古，派出边地防御的总兵官渐渐地变成固定，冠以镇守的名义，接着在内地军事要害地区也派总兵官镇守，独任一方的军务。
又于其下设分守，镇守一路；设守备，镇守一城或一堡。
至和主将同城的则称为协守。
总兵之下有副总兵、参将、游击将军、守备、把总等名号。
总兵是由中央派出的，官爵较高，职权较专，都指挥使是地方长官，渐渐地就成为总兵官的下属了。
后来居上，于是临时派遣的总兵官驻守在固定的地点，就代替了都指挥使原来的地位了。
总兵官变成镇守地方的军事统帅以后，在有战事时，政府又派中央大员到地方巡抚，事毕复命，后来巡抚也成固定的官名，驻在各地方。
因为这官的职务是在抚安军民，弹压地方，所以以都御史或副佥都御史派充。
因为涉及军务，所以又加提督军务或赞理军务，参赞军务名义。
巡抚兼治一方的民事和军务，不但原来的都、布、按三司成为巡抚的下属，即总兵官也须听其指挥。
景泰以后因军事关系，在涉及数镇或数省的用兵地区，添设总督军务或总制、总理，派重臣大员出任。
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