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一、政府对高等教育经费投入仍显不足，结构有待完善
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目前我国公立高校占绝大多数，高等教育经费投入仍主要依靠国家财政拨款。
国家教育投入的多少，必然极大地影响高等教育事业的发展。
虽然改革开放以来我国教育事业有了较快发展，财政性教育投入自20世纪80年代以来逐年稳定增长，但是《中国教育改革和发展纲要》及《教育法》中规定的教育经费的“三个增长”
一直没有真正兑现，教育经费占国民生产总值的比例和预算内教育经费占财政支出的比例一直很低。
研究表明，“九五”
期间，虽然全国财政性教育经费投入占国民生产总值的比例从1995年的2.46%增加到了2001年的3.19%，但还是没有达到《中国教育改革和发展纲要》规定的4%的目标；同时预算内教育经费投入占财政支出的比例逐年下降，也就是说，在政府的财政支出中，分给教育的比例越来越小了。
各级学校生均预算内教育事业费虽有增长，但增长率不够稳定；各级学校生均预算内公用经费增长缓慢，且有些年份出现负增长。
[15]2012年，国家财政性教育经费为22236.23亿元，占GDP的比例为4.28%，实现了《中国教育改革和发展纲要》提出的4%的目标，成为中国教育发展史上重要的里程碑。
2012—2016年，国家财政性教育经费占GDP的比例连续五年超过4%，充分体现了中央优先发展教育的决心，但同经济合作与发展组织（OECD）国家平均水平相比，我国政府对高等教育的投入仍显不足。
另外，以“分级管理”
为基本特征的高等教育投资体制改革虽然一方面促进了地方高等教育的发展，但另一方面也造成了全国高等教育发展条件的极其不平衡。
在经济比较发达的地区，高等教育经费比较充足，办学条件相对较好；而在经济比较落后的地区，高等教育经费相对短缺，办学条件相对较差，有些高校的基本运转非常困难。
20世纪90年代末期，伴随着“211工程”
“985工程”
的实施，国家对高校的财政投入出现了学校之间的不平衡和区域之间的不平衡。
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