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许倬云直到十六岁抗日战争胜利后，才正式进学校接受教育。
在此之前，他没办法走崎岖的山路去上学，只能在父亲的书房里看书。
许倬云说，那时的阅读“大半是自己瞎摸而来”
。
不过一到周末，父亲就会给他讲数学、讲历史。
父亲许凤藻喜欢阅读《宋名臣奏议》，常常自己读着读着，就跟许倬云说：“这一段好，你听听……”
许倬云得益于父亲这套英国式的全科教育，学得很杂，也使他发现自己对史地特别有兴趣。
1946年年初，许倬云进入无锡辅仁中学，考进去时，国文、史地、英文分数非常高。
学校隔壁就是东林书院，只用一排矮松树隔开。
许倬云记得，每当有学生不听话、不用功，老师就会把他拉到松树林边罚站，对着里面的东林祠堂说：“你对不对得起你祖宗？”
四十年后，他的学生葛岩在匹兹堡大学兼职教学助理，遇到美国学生问“你们中国人没有上帝，你们怎么忏悔？”
的问题。
许倬云笑着对他说：“你去告诉他们，我们中国人谁犯了错，他的爸爸就会揪着他的耳朵把他丢到祖宗牌位面前，大喝一声，‘你对得起列祖列宗吗？’”
许倬云家中就一直保留着一卷“祖宗轴子”
，上面写了历代祖宗世系表，是当年赴美时哥哥抄给他的。
每到春节，他一定把轴子供起来祭祖，他自小在美国长大的独子也会在“祖宗轴子”
前三鞠躬。
许先生在台湾服父丧期间留影
1949年春天，许倬云跟随家人赴台，考取台湾大学。
考试时，他的历史和中文考卷被阅卷教员推荐给校长傅斯年，在傅斯年的建议下，原本报考外文系的许倬云在念了一学期后转入历史系。
当时的台大历史系，汇聚了李济、沈刚伯、严耕望等一批从大陆过去的名家。
在名师指导下读完本科、硕士，又在台湾“中央研究院”
历史语言研究所工作一年后，1957年，许倬云得益于胡适的帮助，到芝加哥大学攻读博士学位。
留学美国被他视为人生转折，是“整个的突破”
。
在芝大，他师从写出《中国的诞生》的美国第一代汉学家顾立雅（HerrleeG.Creel，1905—1994）。
顾立雅给许倬云很大的自由，由着他“乱七八糟地选课”
。
20世纪中叶，正赶上美国汉学研究划时代地转向，汉学从传统东方学分支的地位中独立了出来，关注点从古代中国转向现代中国，研究方法也开始引入社会学、统计学等其他学科的方法理论。
许倬云那时住在神学院宿舍里，舍友有犹太教教士、天主教神父、不同宗派的牧师，甚至还有一两位和尚，他们晚上常在大洗澡间边淋浴边讨论各种问题，“一抬杠就没完没了”
。
因此，许倬云对宗教理论特别有兴趣，选修了著名宗教史家米尔恰·伊利亚德（MirceaEliade）的宗教课程，又选了和宗教学密切相关的社会学课程，还开始关注城市经济学。
在这个过程中，许倬云发现一些观念深藏在每一个民族、每一种文明的潜意识里，这促使他开始以更宽远的尺度衡量文明的发展，逐渐脱离以中国为中心的世界观。
那些看似“杂乱”
的选课给许倬云的博士学位论文（后出版为《中国古代社会史论：春秋战国时期的社会流动》）提供了很大的帮助，譬如他发现中古欧洲城市的出现与春秋晚期的城市出现完全合拍。
在论文中，他将《左传》中的两千多个人物排出一百多个家族谱系，根据这些人物的家世与社会背景，测量各时代社会变动的方向与幅度，做了一项系统性的分析。
20世纪60年代，许先生在芝加哥大学留影
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