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过去的本草书，虽然作了反复的解释，但是由于有些作者没有深入调查研究，而是在书本上抄来抄去，所以越解释越糊涂，导致矛盾百出，莫衷一是。
在父亲的启示下，李时珍认识到，“读万卷书”
固然重要，但“行万里路”
更不可少。
于是，他既“搜罗百氏”
，又“采访四方”
，深入实际，进行调查。
从1565年开始，李时珍在儿子李建元和弟子庞宪的伴随下，到广阔的大自然中去，到各地收集药物标本和处方，向捕蛇者、渔人、樵夫、农民、车夫等各种各样的人请教。
为了重新获得草药的真实药性并更加准确地描述它们的疗效，他甚至在行医与采药过程中还对许多草药进行了亲身体验，再现了“神农尝百草”
。
曼陀罗花，一种重要的麻醉药，是李时珍第一次将这种朝开夜合的花收入了医书中。
他在解释这个名称时说：“法华经言，佛说法时，天雨曼陀罗花。”
听说这种花人吃了之后，会手舞足蹈，严重的还会麻醉。
为了验证其功效，他特地上武当山采摘了长于斯的曼陀罗花，并酿了曼陀罗花酒，邀请徒弟一同畅饮。
他在《本草纲目》中是这样描述他品尝后的感受及功效的，“予尝试之，饮酒半酣，更令一人或笑或舞引之，乃验也”
“割疮灸火，宜先服此，则不觉苦也”
。
儒家主张圣人无常师，不耻下问，《本草纲目》中有相当一部分就是李时珍从劳动人民处收集得来的。
有一天，他采药回客栈的路上，瞧见几个车夫围着一口大锅煮着一种他不曾见过的野草。
他感到很好奇，便耐心地向车夫请教，车夫就告诉他，锅里的草叫鼓子花，又名旋花，有舒筋活血的功效，对长年累月干苦差事的他们来说，再合适不过了。
李时珍一五一十地记录了车夫的话，后经过亲自试验，肯定了鼓子花的功效。
李时珍还曾随捕蛇者一同上龙峰山，观看捕蛇的过程。
这种蛇叫“蕲蛇”
，也就是蕲州所产的一种地道药材——白花蛇，俗称五步蛇。
蕲蛇主治中风湿痹、麻木不仁、筋脉拘急、大风疥癣等症，从唐代开始就是贡物，到了明朝时，官府豪绅常向百姓摊派此蛇，其情形正如唐代柳宗元在《捕蛇者说》中所说一样。
李时珍在《本草纲目》中对蕲蛇的形状和捕捉方法都作了细致入微的真实介绍，正是实践出真知的结果。
之前李时珍反对服食丹药时，方士们站出来反驳：“古书上记载，水银无毒，服食可以成仙，是一种长生药。”
李时珍告诉他们，前人遗留下来的经验和知识，可以参考，但是一定要经过分析，不能尽信书上所言。
他虽然坚决反对服食仙丹，却主张以科学的态度来应用炼丹的方法。
他认为水银内服有毒，但是可以研制外用，用于医治疮疥等病。
此外，他还利用炼金术烧制外用药物，并把研究的数据记载在《本草纲目》中。
依据药物临床使用的疗效，李时珍改进了许多药物的炮制工艺。
比如巴戟天的制作，按照古法，应当先用枸杞水泡一宿，捞出来用酒浸半天，再捞出来同**一同熬制，最后去掉**，擦干方可用于治疗。
然而，有一次，他碰上了急症，一时间找不到巴戟天的成药，急症也等不得他慢条斯理地去炮制了，所以他只用温水急忙把它泡软，去掉内芯就给病人服用了，最后疗效也没有什么差别。
可见，古法也并非要守成不变。
《本草纲目》就是在这样的态度下完成的，三易其稿，一写就是27年。
成稿那年，李时珍六十一岁。
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