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圣谕下达不久，山东巡抚袁世凯斗胆进谏，他上呈的是《遵旨敬抒管见上备甄择折》，内容包括设立课官院和课吏馆，对官吏进行新政集训；命学生学习实用书籍和外国技术；各省设官报局，开启民智；派遣王公官员出国考察；设立商会，兴办商务等十二条。
慈禧见到这份奏章后喜笑颜开，还没有看完全折就对袁世凯大加夸赞。
当然，她赞赏的不全是奏折的内容，更多是袁世凯的踊跃态度。
那些精明的臣子通过“庚子之乱”
已读懂了慈禧两极化的施政手段，她翻手为云覆手为雨的处置方式让朝廷内外感到玄机莫测。
此次慈禧成立督办政务处及对袁世凯之举予以肯定，让大臣们不再敢质疑她推行新政的诚意，因而纷纷上折畅谈新政。
慈禧推行的新政一亮相就声势浩大，如上谕所说，“示天下以必信必果”
。
很快，两广总督陶模上《请遣散内监折》，江西巡抚李星锐上《江西巡抚李中丞复行政事宜折》，安徽巡抚王之春上《广设算学专门学堂折》，湖广总督张之洞上《变通政治人才为先遵旨筹议折》，两江总督刘坤一上《遵旨筹议变法谨拟整顿中法十二条折》等。
奏折多了，就要有一个审议程序。
由于慈禧还在西安，虽然成立了新军机处和督办政务处，但毕竟与各执行机构沟通不畅，所以对各奏章采取了新的“留中”
办法。
所谓“留中”
，就是留下待议或待办。
留中的折子又分为两种：一种是留在皇帝的机要处内阁，供皇帝御览，如袁世凯所上《遵旨敬抒管见上备甄择折》，这是留给太后和光绪帝亲览的，可批示下发，也可不发，由太后或皇帝亲自处理。
另一种是留在军机处审议。
但由于军机处的权力越来越小，加上新成立的督办政务处分权，所以军机处审议的奏折也就显得不那么重要了。
而督办政务处的职能主要是在慈禧与光绪帝从西安返京前，审议内外臣工关于新政的回奏，并分辨是否可行。
据张之洞的幕僚许同莘记载，“是时京外官条陈变法者，皆交会议政务处，区为科举、兵事、财政、杂务四类，俟回京合议”
。
由此可见，督办政务处负责处理的奏章都是跟新政有关的，而其他奏章还是交军机处。
实际上，推行新政的诏书下达两年后才开始尝试施行。
在新政推行的最初三年里，比较突出的有以下几件事：
其一，提倡和奖励私人资本办工业。
光绪二十九年（1903）七月十六日，朝廷成立了商部，由前一年被派往英国、法国、美国和日本考察的皇亲贵族载振（1）担任尚书，工矿业和铁路都归这一部管理。
光绪三十年（1904），公布《商律》（部分）《公司律》《商会简明章程》，并先在京师设立商会。
其中规定：“凡设立公司赴商部注册者，务须将创办公司之合同、规条、章程等一概呈报商部存案。”
即与国际惯例一致，办企业仅须登记注册即可。
到光绪三十一年（1905），清廷陆续颁布《商标注册试办章程》《重订开矿暂行章程》《奖励公司章程》《改订奖励华商公司章程》《试办银行章程》《农会简明章程》等。
发展实业方面，大理寺少卿、工部左侍郎、督办铁路大臣盛宣怀成为一面旗帜，他创办了许多实业，任轮船招商局督办、电报局总办、华盛纺织局总督办、铁路总公司督办、中国通商银行督办、汉阳铁厂督办。
在实业改革中，现代财产所有权开始逐步确立。
比如，光绪三十二年（1906）拟定的《大清民事刑事诉讼法》在“判案后查封产物”
一节中规定：“凡封票纸查封被告本人之产物，如产物系一家之公物，则封本人名下应得之一分，他人之分不得株连。”
“凡左列各项不在查封备抵之列：一，本人妻所有之物。
二，本人父母兄弟姐妹及各戚属家人之物。
三，本人子孙所自得之物。”
这表明财产所有权已开始从家庭甚至家族所有转变为个人所有。
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