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好不容易搞定了技术部分,马克合上文件夹,脸上带着职业性的微笑,抛出了一个更现实的问题。
“好了,技术细节暂时就这样。
接下来我们谈谈下一步。
林先生,程小姐,格林伯格教授有没有跟你们提过后续的研发计划?”
“提了,”
程新竹点了点头,脸上的兴奋褪去,又变得有些愁眉苦脸,“他说,既然我们已经找到了那几个关键的药物靶点,下一步,就是进行大规模的小分子药物筛选。”
她打开笔记本电脑,调出一个数据库的界面,上面显示着一个惊人的数字。
“这是ZINC数据库,”
她指着屏幕,有气无力地说,“里面收录了超过三千万种已知的,可以商业化购买的化合物。
我们要做的,就是用计算机模拟,把这三千万种分子,挨个往我们找到的蛋白质靶点上试验一遍,找到那个能精准嵌合到我们发现
的‘靶点上的‘钥匙!”
她做了个鬼脸:
“格林伯格教授说,这叫‘高通量虚拟筛选’。
我觉得,这叫‘大海捞针”
。
约翰逊律师在一旁补充道:
“我听格林伯格教授说,他预计,按照现有的计算方法,用医学院那台Beowulf集群,跑完这三千万种化合物,大概需要......两年。”
林允宁看着屏幕上那密密麻麻的分子式,没说话。
他的大脑,又开始以一种常人无法理解的方式运转起来。
暴力筛选......计算对接能量......
这不还是在“积分”
吗?
还是在用最笨的办法,去遍历一个天文数字般的可能性空间。
他脑中闪过秦雅那个手性催化剂的难题,闪过自己用“几何约束”
解决问题的思路。
一个全新的想法,开始在他脑中成型。
“我们为什么要计算‘能量?”
他忽然开口。
在场的另外两人都愣了一下,齐齐看向他。
“不然呢?”
程新竹不解地问,“药物和靶点结合,不就是能量最低最稳定吗?"
“是,但那只是结果。”
林允宁拿起笔,在草稿纸上画了一个钥匙,和一个锁芯的截面图。
“我们现在做的,是拿着三千万把奇形怪状的钥匙,去试一把锁。
每一把都插进去拧一下,看看能不能打开。
这太慢了。”
他看着程新竹,问道:
“我们为什么不直接观察这把锁的‘形状,然后只挑那些看起来能插进去的钥匙去试呢?
“药物筛选,本质上不是一个能量问题,这是一个‘几何匹配问题!”
他越说思路越清晰:
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