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正集6卷，按体裁分类编排，并在目录中标明诗体，其中卷1、卷2为五言古风，卷3七言古风，卷4五言律诗，卷5七言律诗、五言排律，卷6七言绝句。
卷首有范吉、陈嵦二序。
卷末《附录》1卷，收存贡奎遗文二篇。
其后又附贡奎生平资料四篇：虞集《游长春宫诗序》、吴澄《题贡仲章文稿后》、李黼《贡公行状》、马祖常《贡公神道碑铭》。
2.明万历十一年贡靖国重刊本
九十年后，明万历十一年（1583），贡氏裔孙贡靖国重新翻刻《贡文靖公云林诗集》。
靖国伯祖吏部公，即是曾任吏部文选员外郎、首次编定《云林诗集》的贡钦，故靖国是贡奎的八世裔孙。
靖国为诸生时，就喜好翻阅先祖诗文。
任职刑部后，更反复诵习，“把玩不忍释手”
。
由于《云林》《南湖》二集“岁月寝久，旧本散失，讹复鱼鲁，心刺刺不忍也”
，靖国遂于万历十一年“鸠工庀材，更为翻刻，以广其传。
庶乎前人之美能彰，后人之盛可传也”
。
[36]
万历本《贡文靖公云林诗集》，据弘治范吉本翻刊，是贡奎诗集的第二次刊刻。
该本行款是，半叶九行十八字，白口，四周单边。
卷首范吉、陈嵦二序，卷末《附录》1卷，收贡奎遗文二篇，其后又附贡奎生平资料四篇，都与弘治本相同。
两本的最大区别是，万历本将弘治本的6卷拆分成10卷，即原卷1分为卷1、卷2，卷2分为卷3、卷4，卷3分为卷5、卷6，卷4分为卷7、卷8，卷5改为卷9，卷6改为卷10，收录诗篇并无增减，编排次序亦无变动。
[37]万历本国内仅存一部，今藏国家图书馆。
此外，南京图书馆藏清十万卷楼抄本一部，也是据万历本抄录，有丁丙跋文。
3.清乾隆四十一年南湖书塾重刊本
清乾隆四十一年（1776），贡氏后人于宣城南湖书塾再次翻刻贡奎、贡师泰、贡性之三家诗文集，这是相隔近二百年后，贡奎诗集的第三次刊刻。
南湖本《贡文靖公云林诗集》据万历本翻刻，也是正集10卷《附录》1卷，卷首范吉、陈嵦二序，《附录》后附传记资料四篇。
首叶题“《云林集》，宣城贡仲章著，乾隆丙申年镌，南湖书塾藏板”
；行款是半叶九行十八字，白口，左右双边；卷端标注“宣城贡奎仲章甫著，十房嗣孙重刻”
。
4.清乾隆四十五年《四库全书》本
清修《四库全书》，据弘治本收录贡奎《云林集》，校呈时间是乾隆四十五年（1780）五月。
四库本的变化是，书前只有四库提要与陈嵦序，却删去范吉序；而且只有诗集6卷，未收《附录》；书后亦不附传记资料。
吉林文史出版社2010年出版校点本《贡氏三家集》，汇集《贡奎集》《贡师泰集》《贡性之集》三部别集。
其中《贡奎集》的整理，即根据《云林诗集》的版本源流和各版本特点，选取明弘治三年范吉初刊6卷本为校点底本，[38]而以明万历十一年贡靖国10卷重刊本、[39]清乾隆四十五年文渊阁《四库全书》本为通校本，[40]同时，以清乾隆四十一年南湖书塾重刊本为参校本。
[41]集外，还参考了元汪泽民、张师愚《宛陵群英集》、明曹学佺《石仓历代诗选》、清陈焯《宋元诗会》、清顾嗣立《元诗选》、清玄烨《御定佩文斋咏物诗选》《御定历代题画诗类》《御选宋金元明四朝诗·御选元诗》《御定渊鉴类函》等选集与类书。
校点本《贡奎集》还增设附录三种：附录一辑存贡奎集外诗四首、集外文五篇，以补《云林集》之未备；附录二汇集贡奎的传记资料五篇，方便读者知晓作者的生平；附录三收载后人题跋八篇，各依写作时间排序，以助读者了解《云林集》的版本及流传。
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