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为确保董（理）事会决策的科学性和有效性，可以借鉴国外私立大学的做法和经验，建立董（理）事会决策咨询委员会、发展规划委员会、财政预算委员会以及绩效考核委员会等常设机构，分别从事董（理）事会会议组织、重大决策前可行性分析、制定学校发展规划、审查学校预算方案并负责筹集发展资金以及考核行政班子业绩等工作。
3.健全内部监督机制
监事会制度是公司法人治理结构中的一项重要制度，构成了公司内部制约机制。
在权力配置上，监事会必须与董事会、以校长为主的行政系统、教代会等其他机构实现合理、恰当的平衡，避免畸轻畸重导致权力结构失衡。
[16]监事会的成员可以从四个方面产生：一是教育行政机关指派的代表，以便于监控学校办学行为；二是学校教职工代表，以利于维护其合法权益；三是学生或家长代表以及社会公益人士，确保在信息不对称情况下保护受教育者权利；四是股东（非董事非校长股东）的代表，以维护其作为投资者的权利。
监事会中应有一半为教职工代表和社会专家（律师或会计师等）代表，以充分发挥监督作用。
除此之外，还应发挥纪检、监察、审计等党政系统内部监督机构以及其他多种内外部监督形式的作用，形成内外兼治的合力，强化监督成效。
4.明确校长负责制
校长对于一所学校的建设和发展，发挥着极为重要的作用，而且这种作用往往是学校内其他组织所无法替代的。
“校长处于行政管理结构的顶端，他们对下进行指挥、下达命令并负全部责任。”
[17]保障校长行政管理权力的依法取得和自主行使，又要明确职权分工与工作规章，构建起校长等民办学校管理人员的激励与约束机制。
第一，建立校长遴选制度，积极推进大学校长职业化。
西方发达国家高校校长的选拔，体现出较强的学术性、广泛性和民主性。
如美国大学校长的选拔一般需要几个月到一年的时间，董事会制定选拔的程序规范，并成立专门的选拔委员会。
[18]第二，建立校长任期制、责任目标制及利益共享制。
第三，建立民主集中制，确保校长决策的科学正确。
校长必须按照民主集中制的原则办事。
凡是涉及教学、科研、学生等重大问题，均需提交校长办公会讨论，并按少数服从多数的原则进行决策。
同时要坚持正副校长分工负责制，防止校长专权独断，无法监督，造成重大失误。
加强以校长为首的行政管理者队伍专业化建设，如学校管理者的任职条件、职业素养、遴选机制、流动机制、薪酬标准、考核机制以及管理者的权力、动力、能力建设与去行政化问题等。
（三）平衡行政与学术权力，增强专家治学能力
民办学校尤其是民办高校作为学术性组织，客观存在行政权力和学术权力两种权力。
两种权力各有特点，彼此区别而又相互补充，构成了民办学校内部权力的二元结构。
[19]提高民办学校自主办学能力，也必须发挥专家学者在校务管理中的重要作用。
通过设置评议会或教授委员会、学术委员会，明确委员会组成、负责人产生机制、运行规则与监督机制等方面的规则，保障学术组织在学科建设、专业设置、学术评价、学术发展、教学科研计划方案制订、教师队伍建设等方面充分发挥咨询审议、决策作用，维护学术活动的独立性。
（四）引入科学管理方法，提升内部治理现代化水平
为完善内部治理，民办学校可以借鉴现代企业中的管理理念和管理手段，加强战略管理，采用扁平化管理、目标管理等多种管理方法，提升内部治理效率。
一是重视战略导向，实施战略管理。
在战略规划阶段，重视学校利益相关者的作用与利益诉求，广泛沟通、多方协调确定战略目标，提高各利益相关者对战略目标的共识度，减少矛盾与摩擦，强化各利益相关者的责任担当意识；在战略执行阶段，在调动各利益相关者积极性、兼顾各方利益诉求的基础上，优化内部资源配置与工作流程，加强执行力建设，强化对战略实施的跟踪管理；在战略控制阶段，要兼顾学校管理系统的内部控制和利益相关者的外部控制。
二是积极推动学校内部治理革新，实施扁平化管理。
通过降低管理重心，减少管理层级，突出基层教学单位管理主体地位，构建高效、弹性的管理体制。
三是综合运用目标管理、标杆管理、绩效管理等方法，提高内部治理和管理的有效性、规范性、有序性，增强学校的环境适应能力、产出能力、信息沟通能力和整合能力。
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