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据1995年的统计，当时全国民办高等教育机构达1230所，其中，具有实施高等学历教育资格的民办高校21所，学历文凭考试试点学校49所。
1997年7月31日，国务院发布《社会力量办学条例》，其中第五条第一款规定：“社会力量应当以举办实施职业教育、成人教育、高级中等教育和学前教育的教育机构为重点……国家严格控制社会力量举办高等教育机构。”
第六条规定：“社会力量举办教育机构，不得以营利为目的。”
国家开始控制民办高等教育的发展。
4.快速发展阶段：1998年至今
1998年，教育部在《面向21世纪教育振兴行动计划》中提出“今后3～5年，基本形成以政府办学为主体、社会各界共同参与、公办学校和民办学校共同发展的办学体制。”
1999年6月13日发布的《中共中央、国务院关于深化教育体制改革全面推进素质教育的决定》提出：“在发展民办教育方面迈出更大的步伐。
鼓励社会力量以各种方式举办高中阶段和高等职业教育。
经国家教育行政主管部门批准，可以举办民办普通高等学校。”
随着实施高等学历教育资格的审批权下放到各省（直辖市、自治区），民办高等教育机构在各地迅速发展起来。
2002年12月28日，姗姗来迟的《民办教育促进法》终于通过。
为了加强对《民办教育促进法》的贯彻执行，国务院于2004年颁布了《中华人民共和国民办教育促进法实施条例》。
为了规范独立学院的发展，教育部于2008年4月1日起施行《独立学院设置与管理办法》，对独立学院的性质、设立、组织运作、监督管理和法律责任等问题进行了明确规定。
此后，民办高等教育开始朝着规范、有序的方向发展。
（二）民办高等教育机构的类型
1.自考助学形式
20世纪80年代初，我国创立了自考制度。
自考是国家面向社会的认定高等教育学历资格的考试，具有权威性、公正性，它的出现产生了极大的社会吸引力，从而带动了一批以自学考试辅导为初衷的民办高中后教育培训机构的迅速发展。
这类学校多为省、市、区审批，统称为非学历高等教育机构，该类学校曾一度占全国民办高校总数的23。
[21]由于上述学校的学员入学不受国家招生计划的限制，宽进严出，培养与考试相分离，所以形式灵活，也能推动民办学校提高教学质量，使高等教育学历体系进一步扩展。
2.学历文凭考试形式
学历文凭考试是国家对尚不具备颁发学历文凭资格的民办高等教育机构的一种扶持形式，1993年开始试点。
进入试点省（自治区、直辖市）的基本符合国家规定的民办高等学校，经所在省（自治区、直辖市）教育行政主管部门确定，可进行文凭考试试点。
1991年6月，国家教育委员会致函北京市人民政府，委托北京市对社会力量举办的民办高等学校教育进行学历文凭考试的试点工作。
[22]北京市于1993年开始在15所民办高校的15个专业中试行学历文凭考试，1995年年底，首届毕业生取得国家承认的大学专科毕业证书。
在北京市民办高校试点的基础上，该项试点相继扩大到辽宁、上海、四川、陕西等省（直辖市）的民办高等学校。
到1999年，全国已有18个省份开展了此项工作，学校数达370多所。
学历文凭考试是学校办学与国家考试相结合的一种教育形式，它有别于传统学校教育，又不同于完全的自学考试。
它力图试验一种以国家考试为导向、民办高校为依托，宽进严出，教考分离的办学模式。
在学校总体水平尚未达标时，为保护办学者、上学者的积极性，以及坚持国家宏观教育质量标准，采取国家、省级、学校三级考试的办法，对学生及学校教育质量进行客观评价，三级考试合格者，国家承认其学历。
2003年、2004年，国务院先后下发“国发[2003]5号”
（《国务院关于取消第二批行政审批项目和改变一批行政审批项目管理方式的决定》）、“国发[2004]16号”
（《国务院关于第三批取消和调整行政审批项目的决定》），决定取消“对实施高等教育学历文凭考试试点省份的资格审批”
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