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所谓概念问题，一是指理论内部出现的矛盾或基本概念的含混不清即“内部概念问题”
，二是指某一理论与另一理论或另一种基本信念的相互冲突即“外部概念问题”
。
在发生经验问题或概念问题的时候，科学的自我批判就是不可避免的了。
对于经验问题，科学或是批判地检讨和修正既有理论以适应新发现的事实，或是批判地考察和解释新的事实以适应既有的理论。
在科学的发展过程中，这两方面又往往是相互渗透和相互补充，从而达到既有理论的拓宽或深化。
对于概念问题，科学或是通过调整和澄清原有的概念系统使之具有更强的逻辑自洽性，或是通过“科学范式”
、“研究纲领”
的转换而构成新的层次上的科学理论。
拓宽、深化既有理论，使既有理论增强逻辑的自洽性，这些属于科学自我批判的第一个层次。
“科学范式”
或“研究纲领”
的转换，则属于科学自我批判的第二个层次。
它所引起的是托马斯·库恩所说的“科学革命”
。
在科学发展史上，科学的自我批判不仅包括在既定的理论框架内对个别或部分概念、命题和原理的修正，而且包括伊姆雷·拉卡托斯所说的对“理论硬核”
的修正。
拉卡托斯提出，任何一个科学研究纲领都是由方法论的规则组成的。
这些方法论规则从总体上可以分为两大部分：一部分规则是把研究所应避免的途径告诉人们，这就是所谓反面启发法；其他的规则又把研究所应遵循的途径告诉人们，这就是所谓正面启发法。
纲领的反面启发法，最主要的就是关于不得摈弃或修正该纲领所依据的基本假定——“理论硬核”
——的规定。
所谓研究纲领的“理论硬核”
，就是这个研究纲领的一系列相互联系的基本理论，由许多的辅助性假说和初始条件作为“保护带”
而加以保护。
比如，哥白尼的日心说的“理论硬核”
是关于地球和其他行星沿着轨道环绕静止的太阳运行，牛顿物理学的“理论硬核”
是他的运动定律和万有引力定律。
借用拉卡托斯关于“研究纲领”
的“理论硬核”
和“保护带”
的区分，我们对两个层次的科学自我批判可以做这样的界说：如果科学的自我批判只是指向作为“保护带”
的“辅助性假说”
，那么，就仍然是以既有的“研究纲领”
去思考问题和进行科学研究，还没有实现科学研究中的逻辑层次的跃迁，因而属于科学自我批判的第一个层次；如果科学的自我批判指向并修正了“理论硬核”
，那么，就构成了“研究纲领”
的转换，实现了科学研究中的逻辑层次的跃迁，它属于科学自我批判的第二个层次。
这个层次的科学自我批判是对既有理论的逻辑前提的批判与变革，它具有科学革命的性质。
科学对既有理论逻辑前提的批判，就是对占有统治地位的或人们普遍认同的“公理”
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