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以“怀疑”
为出发点，就是对精神活动本身的反省。
在他看来，“怀疑”
的目的，就是在可以被怀疑的观念和知识中找出一个不可怀疑的、确定性的存在。
为此，首先不能把我认为是真的观念和知识视为真的；然后对这些不能确定其为真的观念和知识予以分解；最后达到某种不可怀疑的、清楚明白的存在。
这就是笛卡尔所理解的哲学据以为出发点的确定性。
路德的宗教改革告诉人们，上帝作为精神性的存在而存在于人的精神活动之中。
笛卡尔由此认为，上帝的存在必以人的精神活动为前提。
不是由上帝的存在而推论出人的精神活动，恰好相反，应该由人的精神活动而推论出上帝的存在。
我在怀疑，没有我便不存在怀疑，因此我是不可怀疑的存在。
“那么我究竟是什么呢？是一个在思维的东西。
什么是一个在思维的东西呢？那就是说，一个在怀疑，在领会，在肯定，在否定，在愿意，在不愿意，也在想像，在感觉的东西。”
[20]
我即我思。
由我思而推论出我的思想的存在，由我的思想存在而推论出上帝作为精神性的存在。
这就显示了笛卡尔上帝本体论批判的革命意义：过去，自我屈从上帝，理性屈从信仰；现在，认识的秩序发生了逆转，哲学的探索不是先上帝而后自我，而是先自我而后上帝，不是先信仰而后理性，而是先理性而后信仰。
这样，笛卡尔就打破了经院哲学对理性的禁锢，提高了自我在宇宙中的地位，高扬了人及其理性的主观能动性。
[21]
作为近代唯物论和近代实验科学的真正始祖的弗兰西斯·培根，则从剖析“成见”
入手来弘扬理性的批判精神。
他提出，由于人的心灵被“成见”
或“偏见”
缠住，因而是一面给出虚假反映的“魔镜”
。
他把人的成见或偏见概括为四种“假相”
：倾向于只看到和相信所赞同的东西的“种族假相”
；由于个人的偏爱所造成的“洞穴假相”
；围绕语词和名称的争论而造成的“市场假相”
；由于采纳特殊的思想体系，特别是忠于特定的哲学或神学体系而造成的“剧场假相”
。
他认为，哲学家和科学家都必须首先从心灵中清除掉这四种“假相”
，才能进行真正的哲学思考和科学研究。
（二）科学方法与科学前提批判
笛卡尔和培根所弘扬的理性精神，是近代的科学精神的哲学表达。
在这种科学精神的哲学表达中，一方面要求哲学家运用科学方法来研究哲学，另一方面则要求哲学家把科学理论提升为思维和存在的关系问题，批判地反思科学理论的前提。
运用科学方法进行哲学研究和从哲学层面反思科学前提，是认识论反省的辩证法的重要特征之一。
反映和表达近代实验科学的基本要求和基本精神的培根坚持认为，一切科学知识都必须从不带偏见的观察开始，他卓有成效地概括总结了近代实验科学的始于观察和实验，经过归纳而达到某种普遍性认识的科学方法，并特别地探索了思维的归纳过程，提出了一种迥异于亚里士多德的演绎逻辑的归纳逻辑。
这种以近代实验科学为基础的归纳逻辑，一方面表现为对传统的演绎逻辑的前提批判（探寻这种前提所以成立的根据），另一方面则又构成更深层次的形式逻辑前提批判的对象（现代西方科学哲学的重要内容之一就是对归纳主义的批判）。
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