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在以精品课带动课程建设的过程中，清华大学还十分注重特色课程的培育与建设，实行研究型教学方式为重点，推进以小班授课、师生互动为特点的课程改革。
在不断进行精品、特色课程建设的过程中，学校还开设了“创业机会识别与商业计划”
和“未来企业家之路”
课，通过独特的授课方式为学生创新意识提供机会和条件。
给学生一片科研的“海洋”
计算机系研究生任罡在导师指导下参与了“真实IPv6源地址网络寻址体系结构”
的研究，他参与研究部分的成果成为该项目重大创新成果之一。
“从两年前开始，导师就指导我参与这一课题的预研……并安排我多次参加IETF（互联网工程任务组）的国际标准化会议，全程参与了项目相关工作组的筹备和标准草案提交工作。”
目前，任罡参与的科研工作中，已申报国家发明专利3项，提交标准草案3项。
科研——掌握在海洋中游泳的能力，这是清华学子在课堂学习之外的收获。
清华拥有较强的科研实力，通过科研反哺教学，增强学生科研素质。
1996年在全国率先推出SRT（大学生研究训练计划）。
1998年推出的“挑战杯”
已发展成全国性赛事。
以“挑战杯”
科展和创业计划大赛为代表的课外科技赛事体系覆盖全校主要学科群。
学校还设有“种子基金”
引导学生的课外科技创新活动。
“优秀博士学位论文奖励基金”
"博士生科研创新基金”
“博士生出席国际会议基金”
、博士生论坛等为博士生深入开展创新性学术研究、开拓国际性学术视野、写出高水平博士论文提供必要的支撑条件。
截至2011年12月，清华共有62篇论文入选“全国百篇优秀博士学位论文”
，名列全国高校之首。
成长为一棵有特色的“树”
清华大学针对不同类型学生提供不同的成才途径。
学校提供满足学生需求的多样化学习资源，引导学生有意识地思考自己的成才路径。
在多样化人才培养的基础上，清华积极推行因材施教的教育方式。
相继开办“数学一物理基础科学班”
，“化学一生物基础科学班”
，“软件科学实验班”
，人文学院按“人文实验班”
“社科实验班”
两大类招生。
此外，学校还设立主、辅修制度，设置经济学等第二学士学位，尽可能给学生提供多样化的“营养套餐”
，让学生能够根据自己的特点、特长和兴趣去自主选择。
特别是在研究生阶段专门为学生制定个性化培养方案，增加特殊训练环节，包括提供校内外乃至国内外的更多资源，把有发展潜力的学生送到世界名校，跟随大师在活跃领域学习，使他们能够尽快进入学术最前沿，最终成长为出类拔萃的人才。
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