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由明入清以后，卫所陆续被裁并，或废入临近州县，或置为新县，其流风余绪深刻影响着清代行政区划与基层社会变迁。
目前已有关于潼关卫、蔚州卫等极为深入细致的个案分析[3]。
以上属于优化之举。
广建直隶州，减少了府级政区的管理半径，从而使得明代幅员广阔的府及其辖地得以分解，提高了行政效率;对于属州及其领县的剥离，使得属州这一县级单位不必在处理本州辖地的基础上，关注于力不从心的属县监察之责，属州转变为不领县的纯粹的县级政区，这是优化地方行政层级的举措。
而卫所之制的废除，与军制变迁有关，但又何尝不是疆土管理体制的优化之举，也是顺应明代中期以后卫所民化的发展趋势。
不为人所知的还有“分防”
制度开始在清代地方行政中发挥着愈来愈突出的作用。
第一，省的分防形成的道制。
清代将明代名目繁多、事务单一、区域重叠的复合型“道制”
调整为以专业道为补充，主要由分守道、分巡道组成的结构，各自划分独立区域，并将其品级、治所固定，职能渐由单一而趋于复合，成为省与府级政区间一个重要的承转机构。
在内地与边疆交界，汉人与少数民族杂处的地带，“道”
实际上起着“准政区”
的作用，这其中至少包括山西蒙古交界的归绥道、直隶蒙古交界的口北道、新疆的镇迪道、台湾建省以前的台湾道以及东北建省以后更为独立的道。
道制调整也是一种事权集中，除了保留若干必需的专业道之外，清代对明代遗留的数目繁多的各类职能单一的“道”
进行了归并，尤其是康熙六年对“道”
的大规模裁撤是这一层级调整的关键[4]。
第二，府的分防形成了厅制与同知、通判的分辖。
最晚从明末开始，与知府同城的僚属官，主要有同知、通判开始分防到府城以外。
这种分防具有多重性质，一种是单独划分一定辖区，将辖区内刑名、钱粮诸事宜全部交予其管理，构成新的政区形式——厅。
形势特别紧要的，将其直属布政使司，称作直隶厅，而仍属知府管理者称散厅。
除此之外，还有一类同知、通判虽然也具有一定的辖区，然而在辖区内所具有的行政职能较为单一，不具备完整的钱粮和命案专责，仍需由附近州县代征钱粮、审理命案，不构成“厅”
的行政建置，这类同知、通判辖区往往被称作“分府”
。
第三，州县的分防形成了佐杂分辖之制。
这主要集中于州县以下行政组织的调整，其意义不亚于对县及其以上层级的调整。
清代的僚属官，包括典史、县丞、主簿、巡检、州同、州判、吏目等，无论分防与否，都可能划定一定的辖区。
在辖区内，行政职能较为完善的几乎与州县没有任何区别，尤其是在边疆地区，州县佐杂设立具有极强的独立性;次一级的可以具备刑名或钱粮中的一项，如甘肃、福建等地的分征县丞等;最多的还是具有弹压地方及处理民间细事之权，在司法上构成一个民间细事的“分辖区”
，以《南部档案》中所记载的富村驿巡司和新镇坝县丞为典型。
以往知县作为“亲民之官”
的功能被部分消解，在广东等地区，更由于局部地区佐杂设置的密度之高，使得知县成为“治官之官”
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