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堤防建设应与湖区的河口、洪道清淤相结合。
加大对内湖区生态环境的整治，提高内湖区的生态调控能力。
洞庭湖区10km2以上的内湖有26个，1～10km2的内湖有157个。
加强内湖区的生态整治，有利于恢复洞庭湖区整体的生态调节能力，改善湖区洪水期的泄洪能力与枯水期的蓄水能力。
增加洞庭湖区非工程措施的投入，大力开发湖区水文应用科技。
非工程措施包括防汛通讯系统、蓄洪报警系统、防汛信息系统等。
建设好洪水预报、通信预警等系统，完善水文数据库，构建水利空间数据库，积极推进防汛抗旱指挥系统、水利工程管理系统、水资源管理决策支持系统等的建设。
在洞庭湖水利开发的过程中，要从维护整个流域生态安全的角度出发，建立严格的制度来保护湖区的水资源。
要将水土保持纳入防洪体系的总体中，以小流域为单元，山、水、田、林、路统一规划，工程措施、植被种植措施和蓄水保土耕作措施相结合。
建立有效的水环境监测体系，对水量、水质以及水土流失的情况进行及时有效的监测、控制和管理，控制水质恶化的趋势，使洞庭湖的环境承载力和生态调控能力得到恢复。
建立完善生物多样性监控保护网络，合理开发利用生物资源。
在洞庭湖、环洞庭各自然保护区、湿地及省级以上森林公园建立生物多样性监督保护网络系统：建立洞庭湖流域生态资源数据库，定期进行生物多样性抽样调查；利用3S技术，对洞庭湖、湿地、重要物种、濒危物种以及危害物种的分布和数量进行重点监控；在关键地区建立濒危物种保护与危害物种防护工作站，必要时实施干预。
合理引导农林渔业生产，科学合理利用生物资源。
八、长江三峡工程对洞庭湖区的影响
长江三峡水利枢纽能够控制松滋、太平、藕池三口的入湖径流，削弱长江上游的洪峰，减轻荆江南岸堤防系统的防汛压力，并降低城陵矶口的长江水位，从而使洞庭湖汛期洪水易于下泄，因而有利于洞庭湖的防洪防涝。
1999～2005年进入洞庭湖的年径流量平均为2489×108m3，比20世纪50年代减少了27.7%。
三口入湖水量逐年减少，三峡工程建成后，径流减少的趋势更加明显（表9.4）。
表9.4洞庭湖多年平均径流量统计 单位：108m3
同时，三峡大坝下游的冲刷点下移，导致江流加速和淘深下切，原先经三口进入洞庭湖的一部分泥沙走荆江而径直下泄，使河段水位下降，荆江河段及城陵矶—汉口河段冲刷量最大，其中以沙市、监利、城陵矶、螺山等水位站水位下降最为明显。
沙市水位下降最大值为3.42m，监利站水位下降最大值为4.27m，城陵矶水位下降最大值为2.22m，螺山水位下降最大值为2.45m。
此外，三峡水库有171.5×108m3的死水库容，能够容纳相当数量的泥沙。
这样，长江注入洞庭湖的泥沙量大幅度减少，使洞庭湖区的淤积量也相应减少，1999～2005年平均入湖输沙量2652×104t，为20世纪90年代的36.1%，为50年代的12.1%，三口入湖泥沙占入洞庭湖泥沙总量的比例由80%减少为70%左右，湖泊淤积速率明显变慢。
这有利于保持洞庭湖的库容，还可以将一部分死水湖容恢复为调洪湖容（表9.5）。
表9.5洞庭湖多年平均年输沙量统计 单位：104t
后三峡时代洞庭湖水文特征日趋复杂，导致湿地和生态环境发生变化。
由于三峡工程控制长江中下游径流，减少了进入洞庭湖的水量，导致洞庭湖区水位明显降低。
这一方面能够减轻湖区涝渍灾害，提高土壤肥力和农作物产量；另一方面，在枯水期也会减少径流流量，使湖泊面积缩小，影响湿地生态环境，并导致湖区河流航运困难，加剧局部地区的水污染。
2009年属于干旱年份，加之三峡工程控制径流的原因，造成洞庭湖区部分地方缺水，部分航道航运困难。
近几年来，随着三峡水库的建成蓄水，长江进入洞庭湖的泥沙锐减，洞庭湖淤积量将大幅减少，同时，清水下泄使长江河床被不断刷深，长江入洞庭湖水量也随之减少。
枯水期时，尽管三峡下泄量有所增加，但仍不足以补偿冲刷造成长江入湖水量的减少，受此影响，长江入洞庭湖三口河系衰退特征已十分明显。
由于水位降低，洞庭湖原有的“水涨为湖、水落为洲”
的湿地特性正在呈现逆向演化。
湿地鸟类食物减少、候鸟越冬形势严峻。
一些洲滩上，大量种植的欧美杨等外来物种取代了原有芦苇等地方物种，一些地方湿地正在变成“林区”
。
蓄水量减少导致水体自净能力降低，使洞庭湖区部分地区目前内河水体富营养化、干涸现象十分普遍。
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