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在传统历史地理研究方面，杨守敬的地理学，王念孙、段玉裁的文字学以及李善兰的算学，被称为清代“三绝学”
。
杨守敬最擅长历史地理学，《隋书地理志考证附补遗》是他的代表作。
魏晋南北朝是中国历史上的大分裂时期，改朝换代异常频繁，州郡废置极为复杂，而这段时间的地理记载又相对薄弱。
后来的《隋书·地理志》的内容实际上已经包括上述时期的地理，弥补了南北朝时期正史地理志的不足，是研究这一时期沿革地理的重要依据，很受学术界重视。
杨守敬曾“三复其书”
，发现其中的错误很多，便决定对其进行修正补充。
经过细致的工作，扩充和丰富了《隋书·地理志》的内容。
原文5万字，经过注释，达到了33万字，同时其间的错误与脱漏之处也得到了较好的纠正与补充，并对一些他人注释中的错误之处予以更正，成为研究这一时期沿革地理的权威之作。
1904年杨守敬又与熊会贞撰成《水经注疏》80卷，1905年师生二人又编著了《水经注图》。
这些成果的问世，成为中国自乾隆年间郦学兴起以来所达到的最高学术成果。
即使在今天，他们的著作仍然是人们研究《水经注》必不可少的参考书。
此外，他们还在历史地图的编绘方面作出了巨大贡献。
到1911年，他们次第刻成了《历代舆地图》，这是中国历史上第一套朝代完整的历史地图。
这套地图通贯古今，绘有城址、山川、古迹、民族、边防及邻近诸国，内容十分丰富，具有多方面的学术价值。
所有地图的绘制采用经纬度制图法，以黑红二色表示古今地名，使用的比例尺较大，比以往任何历史地图详细精确。
此外，在地图绘制方面，邹代钧编译和绘制了各国地图，绘图过程中均采用近代新法，并按照中国统一的比例尺绘制，以便量算图上距离。
国内的地图，以胡林翼所编的地图为底本，而参考当时出版的新图；国外地图，以德国人绘制的地图为蓝本，而参考英、法各国地图。
后因经费不足，仅印行了各省、各国地图共68幅，是中国第一份新法绘制的详细的中外地图。
1896年，邹代钧与陈三立、汪康年等人共同发起创立了中国舆地学会，专门研究中国和世界地图的编绘。
近代中国的特殊历史环境为传统的地理研究创造了有利的条件，使得这方面研究成果十分丰硕，在传统地理研究取得较大发展的同时，近代地学在中国也得到一定的发展。
随着近代教育的开展，地理作为一门普通教育课程在新式学堂中开设，近代地理逐步被引进到中国的教育当中。
张相文在1901年编成中国第一部《初等地理教科书》以及第一部《中等本国地理教科书》，以后又在此基础之上，编著了中国第一部《地文学》以及第一部《最新地质学教科书》。
这些书的出版，很快得到全国学界的推崇，为发展中国现代地理学奠定了初步的基础。
1909年9月，在张相文的倡导之下，中国第一个研究地学的近代学术团体“中国地学会”
在天津成立，张相文任会长。
1912年，地学会的会址迁至北京。
地学会以《地学杂志》为会刊，在这个刊物上发表了大量近代地学文章，介绍国内外地学研究状况与成果，广泛传播近代新地学知识。
地学会还同英、德、法、美、荷、比、日等国的地学会进行学术交流，在一定程度上开阔了国内同行的眼界，提高了学会的研究水平。
1913年6月，在章鸿钊、丁文江等人的发动筹备下，北洋政府工商部在北京设立了地质研究所，章鸿钊任该所所长。
研究所设于原京师大学堂地质学门旧址，招收中学毕业生就读，修业期限为3年。
这是中国第一个培养地质专业人才的高等学校，培养了中国第一代开发矿藏的地质人才。
中国不少著名的地质学家如叶良辅、谢家荣、王竹泉、谭锡畴、李学清、朱捷等，均是这个地质研究所培养的。
大量的地质学人才的培养，也为1922年成立的中国地质学会的产生创造了条件。
经过中国地学界的不懈努力，中国的地理研究已经在极大程度上突破了传统的舆地学范围，有力地推动了中国旧地学向新地学发展。
五、医学
鸦片战争以后，西学东渐对中国许多传统的自然科学部门都产生了重大的影响，在一些研究领域中出现了极为明显的中西并存的状况，医学领域中的这一现象也是十分突出。
中国传统的中医研究在近代仍然取得了一定的成果，出现一些专门研究的著作和造诣颇深的医家。
1852年，王士雄根据长期的医疗临床经验，在总结前人治疗温病成果的基础之上，认真研究探索，撰写了《温热经纬》一书。
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