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评估的主要经费来源于有关教育行政部门。
既然高校评估的主要经费来源于政府部门，政府部门当然要占主导地位。
但是这无疑会限制其他评估主体在高等教育评估中作用的发挥。
评估方案的调整与改革由政府负责。
2008年，五年一轮的普通高等学校本科教学评估的第一轮已经结束，在其取得重要成绩的同时，也产生了很多问题，遭到来自高校、社会的多方诟病。
为了使本科教学评估发挥更好的作用，必须对其进行新的研究和提出新的评估方案。
这新一轮方案的研讨与出台就是由政府负责组织的。
[21]为了进一步加强和改进本科教学评估工作，高等教育司和高等教育评估中心于2005年10月和2006年2月分别召开“本科教学评估工作分类指导研讨会”
。
会议通知要求高校给予大力支持，而且特别明示，“会议负担食宿费用，交通费请各单位自理”
。
在2007年教育部、财政部又发布了《关于批准高等学校本科教学工作分类评估方案和全国高校教学基本状态数据库系统项目建设的通知》，批准北京师范大学、复旦大学、武汉大学、华中科技大学和中山大学来共同承担这两项课题，其资助经费分别为300万元和700万元。
虽然委托大学来做这些研究，但是政府官员对研究中立性的影响还是非常明显的。
[22]
（二）处于评估从属地位的高校和社会中介评估组织
第一，作为政府评估附属物的学校内部评估。
就学校内部评估而言，更多的是政府评估的一个附属物。
《普通高等学校教育评估暂行规定》中第15条就规定：“学校内部评估，即学校内部自行组织实施的自我评估，是加强学校管理的重要手段，也是各级人民政府及其教育行政部门组织的普通高等学校教育评估工作的基础，其目的是通过自我评估，不断提高办学水平和教育质量，主动适应社会主义建设需要。
学校主管部门应给予鼓励、支持和指导。”
学校自评阶段主要工作任务的第一项就是“学习教育部有关评估工作的文件及评估方案”
[23]。
从中就可以看出学校内部评估仍然是政府评估的一个组成部分，并不是独立存在的。
有学者就明确指出，在高等教育评估实践领域高等学校作为评估主体的缺席。
他认为，这种主体地位缺失的表现为：一是，主体地位没有得到保证。
二是，主体作用没有得到发挥。
三是，主体的要求没有得到足够重视。
[24]这也是高校内部评估迟迟没有独立性，发挥效用不够突出的重要原因。
第二，游离于主流高等教育评估体系之外的社会中介评估。
在我国的高等教育评估中，不仅只有政府评估和高校内部评估，还存在社会中介组织的评估。
在1990年的《普通高等学校教育评估暂行规定》第22条规定：“根据需要，在各级普通高等学校教育评估领导小组领导下，可设立新建普通高等学校鉴定委员会、普通高等学校专业（学科）教育评估委员会、普通高等学校课程教育评估委员会等专家组织，指导、组织新建普通高等学校的合格评估（鉴定）和专业（学科）、课程的办学水平评估工作。”
这里就规定了鉴定委员会、专业评估委员会等社会中介评估组织都要由各级普通高等学校教育评估领导小组这一政府组织来管理。
所以，在我国，一开始就没有完全意义上的独立的第三方的高等教育评估中介组织。
虽然，在政府文件中也多次强调要发挥社会中介评估的作用。
如1993年2月13日印发的《中国教育改革和发展纲要》中提道，“对职业技术教育和高等教育，要采取领导、专家和社会用人部门相结合的办法，通过各种形式进行质量评估和检查，各类学校都要重视了解用人单位对毕业生质量的评价”
。
值得注意的是，1999年6月13日的《中共中央国务院关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》也强调了非政府行业协会组织和社会中介机构在评估工作中的作用。
如《决定》指出：“在高中及其以上教育的办学水平评估、人力资源预测和毕业生就业指导等方面，进一步发挥非政府行业协会组织和社会中介机构的作用。”
1997年3月，由上海高等教育评估事务所组织实施的“上海普通高校旅游管理专业评估”
，开创了中国教育社会中介评估机构实施评估的先河。
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