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1796年结束两届总统任期的华盛顿没有参加下一届的总统竞选，于是联邦党的亚当斯和民主共和派的杰斐逊参加竞选，结果亚当斯以微弱的优势获胜，就任美国第二届总统。
此后的4年中联邦党人与民主共和党人激烈对抗，在1800年举行的总统选举中杰斐逊获胜了。
联邦议会里也由民主共和党人占多数，美国开始了和平交接政权的局面。
此时的联邦党人已沦为“跛脚鸭（lameduck）”
，但他们还是把由终身法官组成的司法部继续留在影响范围里，希望借司法部的影响力牵制共和党人掌管的行政部和议会。
直到新总统和新议员任期开始之前的1801年2月13日，尚处于多数派地位的联邦党人为了改善联邦司法体制的缺陷，修改了法院组织法。
1801年修订的法院组织法规定，减轻大法官繁重的巡回审判工作，任命16名巡回法官分配到新设的6个巡回法院，将大法官总人数从6名减少到5名。
然而民主共和党人却指责该法是阻止下一任总统杰斐逊的大法官提名权，促使亚当斯提名支持联邦党人为法官的不正当的政治计谋。
不久，议会在亚当斯任期届满还不到一个星期的2月27日制定了将对42名任期为5年的治安法官任命权授予总统的《哥伦比亚特区[1]组织法》。
与此同时，最高法院首席大法官埃尔斯沃斯辞职后，在1月27日召开的国会上同意国务卿约翰·马歇尔（JohnMarshall）出任首席大法官，马歇尔于2月27日正式走马上任。
法官指定人马伯里的诉讼
法院组织法一通过，亚当斯在卸任两天前的3月2日任命42名联邦党人士为治安法官，议会则在第二天通过了总统对法官的任命。
像这些总统临卸任之前任命的法官叫作“午夜法官（midnightjudges）”
。
亚当斯在法官任命书上签字，时任国务卿兼最高法院首席大法官的马歇尔也在总统签名下面联名签字，并在任命书上盖了封印。
然而也许因为忙于政权交替工作，直到3月3日午夜为止，17名法官的任命书迟迟没有传送出去。
第二天就任总统的杰斐逊给新任国务卿麦迪逊下令停止发放任命书。
根据《哥伦比亚特区组织法》，总统有权决定法官任命人数，而杰斐逊将治安法官人数从42名减少到30名，即除了之前已发放任命书的25名法官外，增加5名新人。
在没有被再任命的17名法官看来，杰斐逊的这一决定无疑是擅自撤销已经得到议会批准的任命书的非法政治行为。
威廉·马伯里就是没有被再任命的17名法官中的一员。
马伯里声称自己有权与3名未被任命为法官的人在1801年12月被任命为治安法官，可因国务卿麦迪逊拒绝转交任命书而自己的被任命权受到了侵犯。
他们向联邦最高法院提出诉讼，要求最高法院命令麦迪逊发放给他们传达法官任命书的“职务执行令（WritofMandamus，最高法院向公职人员下达的、要求公职人员履行法定职责行为的命令状）”
。
在一般情况下诉讼是由从下级法院通过规定程序逐级上报到最高法院的，可马伯里认为首席法官马歇尔毕竟也是联邦党人，因此他坚信拥有与自己同样政治观点的马歇尔会很快作出判决。
在诉讼中，马伯里主张，虽然联邦宪法第三条规定给最高法院授予对大使、公使、领事的相关案件和以州为当事人的案件的初审管辖权，可法院组织法第十三条又规定，最高法院在初审诉讼中也有权限向同样是公职人员的国务卿下达命令。
图23马伯里诉麦迪逊审判文件：简要地说，这是一起在美国最初的朝野政权更迭过程中，在议会大楼租用一间办公室的最高法院以宪法的名义毫不留情地撕毁房屋主人议会制定的法律的事件。
以这场判决为起点，司法审查传遍了整个世界。
由以马歇尔首席法官为首的联邦党人组成的联邦最高法院陷入了进退两难的地步。
最高法院如果支持马伯里就会发生因杰斐逊政府无视联邦法院的决定而导致司法权威被削弱的后果，甚至还有可能以法律的名义缩减最高法院的权限或弹劾大法官。
反之，就要承认国务卿马歇尔的失误，即因马歇尔未能阻止杰斐逊总统滥用权力使司法部屈服于行政部的权力而降低司法部的地位，最终会导致大大削弱联邦党人政治影响力的结局。
由于民主共和党人主导的议会以法律形式废除了1801年12月至1803年1月的最高法院会期，因此联邦最高法院在一年间无法审理任何案件。
麦迪逊国务卿既没有配合有关任命书的制定、传达等问题的侦查，也没有出庭。
联邦最高法院于1803年2月11日听取马伯里律师单方面的主张后结束审理，于2月24日经大法官们（由于两名大法官未参与审理和判决，参加判决的大法官包括首席法官在内总共有4名）一致同意作出了判决。
联邦最高法院以宪法上不允许仅凭初审发布职务执行令为由没有接受几名原告的请求。
这场判决以缜密而明确的逻辑给司法部授予司法审查权的案例而轰动了世界。
据马歇尔首席法官起草的判决书，审判的焦点和法院的判断如下：
第一，马伯里是否有权获得任命书？总统签字，国务卿也联名签署，法官任命事实上已经完成。
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